Des milliards de microbes dans l’intestin : pourquoi la diversité nous fait du bien

Notre intestin est plus qu’un simple organe digestif : il abrite des milliards de microbes qui entraînent notre système immunitaire, renforcent nos os et influencent même notre humeur. Un microbiome sain est considéré comme la clé invisible de la santé et du bien-être.

• Les bactéries, virus et champignons présents dans l’intestin forment ensemble le microbiome.
• Les perturbations du microbiome peuvent avoir des répercussions sur la santé. À l’inverse, les maladies affectent le microbiome.
• Les aliments probiotiques, les compléments alimentaires et les médicaments favorisent la santé intestinale.

par Karin Meier

Environ deux kilogrammes de bactéries vivent dans l’intestin

Nous portons tous en nous et sur nous un écosystème invisible : le microbiome. Il s’agit de tous les microbes que nous hébergeons, c’est-à-dire les bactéries, les virus et les champignons. « Au total, notre microbiome comprend environ 100 000 milliards de microbes, soit plus que le nombre d’étoiles dans notre système solaire », explique le Dr Philipp Busche, médecin-chef en médecine interne à la clinique d’Arlesheim, à Bâle-Campagne.

Le microbiome interagit étroitement avec le cerveau et le reste de l’organisme.

Environ 95 % des microbes se trouvent dans l’intestin. À elles seules, les bactéries qui y vivent peuvent peser jusqu’à deux kilos chez un adulte. Une part importante de nos selles est donc constituée de bactéries, auxquelles s’ajoutent des cellules muqueuses rejetées et des résidus alimentaires. Le microbiome n’est certes pas un « organe » au sens propre du terme, car il ne possède pas de structure spatiale fixe. Il présente toutefois un équilibre interne et interagit étroitement avec le cerveau et le reste de l’organisme.

Une aide vitale pour le démarrage du système immunitaire

Dès le début de la vie, le microbiome joue un rôle décisif dans la maturation du système immunitaire. « Lors de leur passage dans le canal génital, les nourrissons absorbent une partie du microbiome vaginal et intestinal de leur mère. Cela favorise le développement de leur propre microbiome », explique le médecin-chef Philipp Busche. Les enfants nés par césarienne, qui ne bénéficient pas de cette « aide au démarrage », peuvent donc recevoir un frottis vaginal de leur mère.

Le microbiome favorise ensuite le développement de la compétence immunitaire et reste un partenaire d’entraînement à vie pour notre système immunitaire. Il influence en outre de nombreuses autres fonctions corporelles. Il favorise par exemple la maturation du système nerveux, protège les muqueuses et participe à la régulation de la densité osseuse.

Le microbiome influence notre humeur

Le microbiome est altéré dans de nombreuses maladies, telles que les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin,la sclérose en plaques, la maladie d’Alzheimer ou l’obésité. Les liens sont complexes : des études ont montré que le transfert des selles d’une personne obèse à une personne de poids normal entraîne une prise de poids chez cette dernière.

Cela souligne le fait que le microbiome influence non seulement l’intestin, mais aussi notre comportement et notre assimilation des aliments. Il produit également des précurseurs de neurotransmetteurs qui contrôlent l’humeur et l’état psychique. Ces substances passent à travers la paroi intestinale pour atteindre le sang, puis le cerveau via les nerfs, où elles agissent sur le système limbique. Des études menées sur des souris suggèrent que les précurseurs des neurotransmetteurs pourraient également influencer notre comportement face à la peur.

Modification de la flore intestinale : cause ou conséquence de maladies ?

Bien que le microbiome fasse l’objet de nombreuses études, des questions fondamentales restent sans réponse, explique Philipp Busche : « À ce jour, on ne sait pas encore quelles sont les fonctions des différentes bactéries et si les modifications de la flore intestinale sont à l’origine des maladies ou en sont une conséquence. Nous ne savons pas non plus comment corriger un déséquilibre de manière ciblée ni quelle serait la composition idéale. »

Il est avéré qu’un microbiome sain est aussi diversifié que possible.

En revanche, il est certain qu’un microbiome sain est aussi diversifié que possible. C’est pourquoi il existe un marché en pleine expansion pour les probiotiques, qui sont censés favoriser la diversité bactérienne (voir encadré). Des études menées sur des espèces de poissons montrent par exemple qu’un microbiome équilibré et diversifié est associé à une espérance de vie plus longue.

Les antibiotiques mettent en danger le microbiome

La diversité du microbiome est menacée par les traitements antibiotiques. C’est là que réside l’un des atouts de la médecine anthroposophique, explique Philipp Busche : « En cas d’infections des voies respiratoires supérieures, la médecine conventionnelle prescrit dix fois plus d’antibiotiques que la médecine anthroposophique, qui traite ces infections de manière naturelle. »

La médecine anthroposophique reste toutefois dans le cadre des directives, qui prévoient un taux de prescription de 4 %, ajoute le médecin. Et il ne faut en aucun cas renoncer à des traitements médicalement nécessaires, car les bénéfices pour la santé l’emportent sur les dommages potentiels causés au microbiome. Selon Philipp Busche, il est important, après un traitement antibiotique, de reconstituer le microbiome par une alimentation saine afin qu’il retrouve une composition aussi diversifiée que possible.

Trois questions au Dr Philipp Busche, médecin-chef en médecine interne à la clinique d’Arlesheim, à Bâle-Campagne

Comment la médecine complémentaire peut-elle aider à maintenir le microbiome en bonne santé ?

Toutes les disciplines de la médecine complémentaire reposent sur une approche holistique et encouragent un mode de vie sain. Pour le microbiome, ce sont moins les médicaments qui comptent que l’activité physique, l’alimentation, le sommeil et la gestion du stress.
Les personnes qui dorment bien et pratiquent régulièrement des exercices de pleine conscience ou de relaxation se sentent non seulement mieux, mais des études montrent que cela renforce également les communautés microbiennes dans l’intestin. Notre environnement contribue également à la diversité de cet écosystème interne.

Pourquoi l’interaction avec l’environnement est-elle importante ?

Un contact régulier avec la terre, les plantes et les animaux entraîne le système immunitaire et favorise la diversité du microbiome. Cela est particulièrement important chez les enfants, dont les défenses immunitaires sont encore en développement. Un microbiome diversifié a un effet protecteur chez eux, car il peut réduire l’asthme, la dermatite atopique, les allergies et d’autres maladies auto-immunes.

Nous ne devrions donc pas vivre dans un environnement trop stérile et ne pas exagérer le lavage des mains et la désinfection. La proximité sociale joue également un rôle décisif : en serrant la main, en embrassant ou en partageant directement de la nourriture, nous échangeons des microbes respiratoires et cutanés. Nous avons pris conscience de l’importance de cela lors de la pandémie de coronavirus. Pendant le port du masque, le microbiome respiratoire a été privé de son contact normal, et après la fin de l’obligation du port du masque, les infections respiratoires ont augmenté.

Vous avez évoqué l’importance d’une alimentation saine. À quoi ressemble-t-elle ?

Une alimentation saine pour le microbiome est principalement basée sur les fibres alimentaires. Les légumes jouent ici un rôle essentiel, en particulier le topinambour, les oignons et les artichauts. Les salades amères comme la chicorée ou les fruits comme les pêches, les melons, les pommes ou les baies favorisent également la diversité de la flore intestinale.

Les pommes de terre, le riz et les flocons d’avoine contribuent également à la diversité, les flocons d’avoine étant presque considérés comme un superaliment. Les produits fermentés tels que la choucroute, le kimchi, le yaourt nature probiotique ou la boisson à base de pain fournissent également des micro-organismes vivants. En revanche, le sucre, l’alcool et les produits fortement transformés doivent être évités autant que possible, car ils réduisent la diversité bactérienne.